De Dopingautoriteit bestaat uit zes afdelingen: Bedrijfsvoering, Communicatie, Controle, Educatie, Informatie & Onderzoek en Juridische Zaken.
De Dopingautoriteit kent één bestuurder, de voorzitter. De voorzitter wordt benoemd voor een periode van vier jaar en kan worden herbenoemd voor eenzelfde periode.
De Dopingautoriteit heeft een Raad van Advies, bestaande uit zes personen. De Raad heeft als taak het gevraagd en ongevraagd adviseren van het bestuur.